Czas w grze odnosi się do momentu gdy Naruto wyruszył z mistrzem Jirają na długi, trwający 2,5 roku trening. Hokage została wówczas pani Tsunade, a resztę Kage stanowiła ekipa którą można zobaczyć w Shipudenie ( oczywiście z Gaarą jako Kazekage). Duża ilość eventów stanowi tak naprawdę fillery w przerywniku między seriami - Naruto i Naruto: Shippuden. Postaci spotykane w Anime i mandze będą w grze, jednak ich los będzie mógł być odmienny do tego napotkanego w Shippudenie, np. Sakura będzie mogła umrzeć.